2009年8月26～27日，本中心於台灣史前文化博物館舉辦「第二屆台日原住民族研究論壇」。當年適逢日治時期民族學者馬淵東一百歲冥誕，論壇特將會議主題訂為「馬淵東一的學問與台灣原住民族研究」。本次論壇所有論文皆收錄於「會議手冊」。

 

為期兩天的論壇議程包含3場專題演講、5場論文發表、1場主題座談。論文發表總計14篇，除了場次三的主題訂為「台灣原住民族研究動向」，其餘場次主題皆為「馬淵東一的學問與原住民族研究」。座談主題則是「追憶馬淵」。

 

3場專題演講依序邀請到松園万亀雄（東京都立大學名譽教授．國立民族學博物館名譽教授）演講〈馬淵東一與社會人類學的發展〉、楊南郡（台灣南島文史工作室負責人）演講〈在實地調查與譯註《台灣高砂族系統所屬之研究》遇見馬淵東一先生〉，以及馬淵東一哲嗣馬渕悟（東海大學國際文化學部教授）演講〈有關馬淵東一未發表的原稿——「布農族與鄒族的親屬名稱（二）」〉。其中，馬渕悟演講當下，致贈馬淵東一未發表原稿予本中心林修澈主任。

 

論壇首日的兩場論文發表，主持人分別為劉益昌（中研院史語所研究員）及浦忠成（考試委員）。由詹素娟（中研院台史所副所長）、林志興（台灣史前文化博物館南科分館籌備處主任）、星‧歐拉姆（台灣基督長老教會總會助理總幹事）、久部良和子（沖繩縣公文書館公文書主任専門員）、張素玢（台師大台史所副教授）擔任評論人，依序評論笠原政治（橫濱國立大學名譽教授）、野林厚志（國立民族學博物館準教授）、蔡中涵（台灣原住民教授學會理事長）、呂青華（東方技術學院觀光與休閒事業管理系副教授）、石丸雅邦（中研院台史所博士後研究）之論文發表。

 

第三場主題為「台灣原住民族研究動向」，由許功明（台東大學南島所教授）主持，主題多元，論文發表包括關華山（東海大學建築系教授）、黃葳威（政大廣電系教授）、楊政賢（台灣史前文化博物館研究助理），由陳凱劭（成大建築學系博士生）、孫大川（政大台文所副教授）、夏黎明（台東大學區域政策與發展研究所教授）依序評論。

 

論壇次日的兩場論文發表，則分別由笠原政治、清水純（日本大學經濟學部教授）主持。石垣直（日本學術振興會特別研究員PD）、李宜憲（政大民族所博士生）、鍾興華（行政院原民會教文處處長）、原英子（岩手縣立大學準教授）、伊萬納威（政大民族所博士生）、鄭光博（政大民族所博士生）所發表之論文，依序由海樹兒‧犮剌拉菲（中研院台史所博士後研究）、范織欽（高雄縣茂林國小校長）及張中復（政大民族學系副教授）、華阿財（教育部原住民教育政策委員會委員）、吳明義（東華大學台文系兼任助理教授）、官大偉（政大民族學系助理教授）、王梅霞（台大人類學系助理教授）評論。